이번 합병을 위해 평가를 담당한 이정회계법인은 에이프로젠바이오로직스의 기업가치를 924억원, 주당 본질가치를 607원으로 평가했다. 이사회 결의일 전일 기준 최근일 종가, 전 일주일, 전 1개월 주가를 기준 계산되는 에이프로젠제약의 합병 기준주가는 494원이며 시가총액은 1969억원이다. 기업가치 비율로는 에이프로젠제약과 에이프로젠바이오로직스가 2:1의 비율로 합병되는 것이다. 이번 합병이 완료되면 에이프로젠바이오로직스의 유일한 주주인 에이프로젠은 에이프로젠바이오로직스 주식 1주당 1.2287449주 비율로 에이프로젠제약 신주를 지급받게 되고 에이프로젠 및 그 특수관계인의 에이프로젠제약 지분율은 기존 45.05%에서 62.61%로 증가된다.
합병이 완료되면 에이프로젠제약의 사명은 에이프로젠바이오로직스로 변경될 예정이다. 에이프로젠제약은 세계 최대 규모의 퍼퓨전 연속배양 공장인 오송공장을 활용해 에이프로젠 뿐만 아니라 국내외 바이오제약 기업을 상대로 CMO, CDMO 등 사업을 적극적으로 전개해 나갈 계획이다.
이번 합병을 위한 주주총회는 내달 15일 예정이다. 합병을 반대할 경우 주식매수청구권 가격은 538원이며 주식매수청구 총액이 100억 원을 초과할 경우 합병 계약이 해제될 수 있다.