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1979년부터 홍제동·명동주교좌·청담동본당 주임을 역임했다. 절두산순교기념관 관장 겸 교구 순교자현양위원회 위원장을 지냈다. 1991년부터 화양동·잠원동본당 주임을 지냈으며, 한국교회사연구소 이사장, 절두산순교기념관장 및 순교자현양위원회 위원장을 맡아 사목하다 2003년 은퇴했다. 이후 경기도 여주 운촌리에서 생활하며 인근 수도회에서 매일미사를 봉헌하고 지역본당 등에서 사목활동을 도왔다.
김 신부는 교구 공동체 안에서 평신도의 역할을 확대하는 데 앞장섰다. 홍제동 본당에서는 가난한 이들을 위해 본당 장례식장을 최초로 도입해 가톨릭 상장례 토착화에 기여했다. 잠원동 본당에서는 본당 내 의사·약사·간호사·호스피스 봉사자들로 구성된 방문간호 체계를 조직해 본당 사회복지의 새로운 모델을 제시했다. 교구 사목국장 시절에는 평신도 성체분배 봉사제도를 도입해 평신도가 주체적으로 활동할 수 있는 기틀을 만들었다.
또한 교구 사목국장으로서 교구 행정과 사목 정책 수립에 기여했다. 한국교회 순교 신앙의 역사적 의미를 연구·조명하는 데도 힘썼다. 저술과 번역 활동도 활발히 진행해 ‘세상을 책임질 사람’, ‘종살이 30년에’, ‘너에게 보여줄 땅으로 가라’, ‘세월은 흘러도’ 등의 저서를 펴냈다.
빈소는 주교좌 명동대성당 지하성당에 마련됐으며 23일 오후 4시부터 조문 가능하다. 장례미사는 25일 오전 10시 주교좌 명동대성당에서 교구장 정순택 대주교와 사제단 공동집전으로 봉헌된다. 장지는 천주교 서울대교구 용인공원묘원 내 성직자 묘역이다.
