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다만 교육부는 대한의학회 등이 논의사항으로 제시한 의대생 휴학 승인에 대해선 이전 입장과 동일하다는 점을 밝혔다. 교육부는 “학생 복귀와 학사 정상화는 최우선 과제이며 지난 6일 발표한 바와 같이 동맹휴학은 정당한 휴학 사유가 아니며, 2025학년도 학생 복귀를 전제로 한 휴학 승인 방침에는 동일한 입장”이라고 했다.
2025학년도 의대 정원 조정과 관련해서도 교육부는 “현재 대입 수시 전형이 진행 중인 상황에서 2025학년도 의대 정원의 조정은 법령상, 사실상 불가하다”며 “2026학년도 의대 입학정원에 대해서는 의료계가 과학적 근거를 바탕으로 합리적 의견을 제시한다면 논의 가능하다는 입장”이라고 했다.
한국의학평가원의 독립성·자율성 보장 요구에 대해서는 “인증기관의 독립성과 자율성을 존중하지만 동시에 인증기관이 가진 공적 책무성에 비춰 평가인증의 공정성과 객관성을 확보하기 위해 필요한 제도적 미비점은 개선할 필요가 있다”고 덧붙였다.
