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이번 개통으로 새마을호와 무궁화호 열차가 목포∼순천 구간에 하루 4회(상행 2회, 하행 2회), 목포∼부전 구간에 하루 4회(상행 2회, 하행 2회) 다닌다. 운임은 목포∼신보성 기준 무궁화호 5600원, 새마을호 8300원이다.
운행 시간도 짧아졌다. 새마을호 열차 기준으로 목포∼보성 간 소요 시간은 기존보다 85분 빨라져 1시간 10분대로 이동할 수 있다. 목포∼부전 운행 시간은 약 4시간 40분으로 기존 광주송정역을 거치던 경로(6시간 50분)보다 2시간 이상 단축된다.
코레일은 목포보성선이 통과하는 기초 지방자치단체들과 협의해 비전철 구간인 보성∼순천 구간의 전철화가 완료될 때까지 목포에서 부산 간 환승에 불편이 없도록 새마을·무궁화호 열차를 운행하고 있다. 이와 함께 기존 광주송정에서 부산까지 다니던 남도해양관광열차(S-train)의 운행 구간을 목포∼부산으로 변경하고, 운행 횟수도 주 2회에서 3회로 늘렸다.
정정래 코레일 사장직무대행은 “목포보성선 개통으로 전남과 경남, 부산을 아우르며 남해안권을 횡단하는 새로운 철길이 열렸다”며 “지역에 활력을 불어넣을 수 있도록 안전하고 편리한 열차 운행에 최선을 다하겠다”고 밝혔다.



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