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인천시선관위는 강화군을 포함해 구·군 선관위에서 선거관리 업무 등을 담당할 7급 이하 일반행정직 경력직을 채용했고, 김씨는 최종 합격자 2명에 포함됐다. 김씨는 이직 6개월 만인 같은 해 7월 7급으로 승진했다. 3개월 뒤인 같은 해 10월 김 총장은 선거관리 실무를 총괄하는 사무총장으로 취임했다.
이후 김씨는 지난 2월 중앙선관위가 대선 재외투표소 관리를 위해 꾸린 미국 출장단에도 포함됐다. 이에 선관위 내부에서는 특혜라는 비판이 제기됐다고 TV조선은 전했다.
그러나 중앙선관위는 김씨의 채용과 승진 절차에 특혜는 전혀 없었다고 반박했다. 김씨가 승진할 당시 소요 연수를 충족해 승진심사위원회 심사를 거쳤으며, 재외투표소 관리를 위한 출장은 인천시선관위에서 추천을 받아 보낸 것이라고 설명했다.
논란 이후 김 사무총장은 이날 정오 무렵 내부 이메일을 통해 중앙선관위 직원들에게 자신의 사의 표명 사실을 알렸다. 코로나19 확진자·격리자 사전투표 부실관리에 대한 타개책으로 사퇴를 선택한 것으로 풀이되나, 일각에서는 아들 특혜 의혹과 결부해 사퇴를 선택한 것 아니냐는 주장도 제기됐다.
김 사무총장은 직원에게 보낸 인사말에서 “이번 대통령 선거에서 발생한 확진자 등 사전투표 부실관리 사태와 관련해 사무총장으로서 책임을 통감하고 다시 한번 머리 숙여 사죄드린다”고 밝혔다.
그는 “모두 저의 잘못으로 이번 사태가 초래됐다”며 “어려운 환경과 힘든 여건에서도 최일선에서 땀과 눈물로 대통령 선거를 묵묵히 관리해 주신 직원 여러분의 열정과 노고에 다시 한번 감사와 사죄를 드린다. 저는 이번 사태의 모든 책임을 지고 사무총장에서 물러나고자 한다”고 말했다.