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적격비용은 카드 가맹점 수수료의 원가로 자금조달비용과 위험관리비용, 마케팅비용, VAN(결제대행업체) 수수료 비용 등을 토대로 산출한다. 2012년 도입 후 3년 주기로 재산정하고 있다. 카드사는 적격비용에 마진율을 더해 가맹점 카드 수수료율을 정한다. 제도 도입 후 총 4차례 카드 수수료율을 재산정했는데 수수료율이 모두 하락했다. 연 매출 3억원 이하 영세 가맹점의 수수료는 4.5%에서 0.5%로, 연 매출 3억원 이상 30억원 미만 소규모 가맹점의 수수료는 3.6%에서 1.1~1.5%로 각각 낮아졌다. 소상공인과 중소기업 등 수수료 부담을 덜어준다는 정부의 의지가 반영됐다.
그러나 수수료율 인하는 카드사의 수수료 수익 감소로 이어지고 있다. 카드사는 이를 메꾸기 위해 단기카드대출(현금서비스)과 장기카드대출(카드론)에 집중하고 있는데 이는 카드사의 재무건전성 악화를 유발하고 있다는 주장이다. 지난 2011년 말 19조 9000억원이던 카드 대출 잔액은 2021년 3분기 37조 3000억원까지 불어났다. 카드 대출 잔액 증가는 곧 카드 연체율 상승으로 이어지고 있다. 서 교수는 “대출 자산 증가로 다중채무자 비중이 높아져 금융권 부실위험이 증가하고 있다”며 “카드사 입장에서는 2021년 이후 늘어난 조달·위험관리 비용 등이 적격비용에 여전히 반영되지 못하고 있다”고 지적했다. 그는 “가맹점 수수료율을 개인회원 연회비율에 연동해서 정하는 방식이 대안이 될 수 있다”고 덧붙였다.