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지난 2021년 1월부터 STEPI 원장으로 재임하면서 △한발 앞서 제안하는 정책 △실행과 실효를 담보하는 정책 연구 추진 등을 목표로 기관을 운영했다. 이듬해 6월에는 ‘중소·벤처 기술혁신 정책연구센터’를 개소하는데에도 힘썼다.
문미옥 원장은 이임사에서 “자유주의에서 기술패권경쟁으로 패러다임이 바뀌는 시기, 과학기술혁신 정책연구의 지평 확장과 조직문화를 혁신하기 위해 애써준 모두에게 감사드린다”며 “과학기술은 먼저 나가야 하지만 꾸준히 끊임없이 진전하는 것이 중요하기에 앞으로도 세상을 이끌고 돕는 연구기관이 되기를 바란다”고 밝혔다.