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재판부는 원고들에게 교육부 장관의 증원 처분 취소를 구할 법적 자격이 없다고 판단했다. 재판부는 “원고들이 교육부 장관의 입학정원 증원 배정처분의 직접 상대방에 해당하지 않는다”며 “원고가 주장하는 대학 교수로서의 이익은 증원 배정처분의 근거법규 내지 관계법규에서 보호하는 직접적이고 구체적인 법률상 이익이 아니다”라고 판시했다.
또 복지부 장관의 발표는 처분으로 보기 어려워 취소 대상이 되지 않는다고 판단했다. 재판부는 “보건복지부 장관의 의과대학 입학정원 증원 발표는 행정청의 내부적인 의사결정을 대외적으로 공표한 것에 불과하다”며 “각 의과대학별 정원 증원이라는 구체적인 법적 효과는 교육부 장관의 입학정원 증원 배정에 따라 비로소 발생해 입학정원 증원 발표는 항고소송의 대상이 되는 처분으로 보기 어렵다”고 판단했다.
앞서 전국 33개 의대 교수협의회를 비롯한 의료계는 정부가 지난해 2월 2025학년도 전체 의대 입학 정원 2000명 증원을 발표하자 이에 반발해 취소소송과 집행정지 신청을 동시다발적으로 진행하고 있다.