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앞서 공수처는 고발사주 의혹과 관련해 지난해 11월 15일 손 부장이 근무했던 대검찰청 수사정보담당관실(옛 수사정보정책관실)을 압수수색했다. 당시 손 부장 측은 입장문을 내고 “언론 최초 보도 시점상 공수처는 15일 오후 1시 42분 이전에 압수수색을 시작했음에도 피의자의 변호인에게 오후 3시 30분에야 유선으로 압수수색 참여가 아닌 포렌식 참석 여부를 문의했다”고 지적했다.
이에 손 부장 측은 그달 30일 해당 압수수색과 관련해 “피의자의 참여를 위한 통지 절차를 전혀 거치지 않았다”며 “피의자 또는 변호인의 참여권이 완전히 배제된 상태에서 이뤄진 위법한 압수수색”이라는 근거 등으로 이를 취소해 달라는 준항고를 서울중앙지법에 청구했다.
이에 법원은 심리를 거쳐 지난 14일 공수처의 압수수색이 적법하다는 결정을 내렸다.
한편 손 부장은 2020년 4월 대검 수사정보정책관실 소속 검사들에게 당시 범여권 인사들을 대상으로 한 고발장 작성과 정보 수집을 지시하고 이를 당시 미래통합당 국회의원 후보였던 김웅 의원에게 전달해 고발을 사주했다는 의혹을 받았다.