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진실화해위에 따르면 이 사건은 1958년 12월 6일 북한 경비정에 의해 납북됐다가 같은 해 12월 20일에 귀환환 금용호 선원 4명, 1959년 11월 13일 납북됐다가 같은 해 12월 8일 귀환한 신영호 선원 7명이 귀환 직후 수사기관으로부터 불법구금과 가혹행위 등을 당한 뒤 장기간 사찰을 받은 것이다.
조사 결과, 귀환 선원들은 모두 구속영장 없이 구금돼 수사를 받았고, 선원뿐 아니라 가족들까지 수십 년 간 수사정보기관으로부터 감시와 사찰을 받은 것으로 파악됐다.
진실화해위는 국가가 납북귀환 어부들과 그 가족들에게 사과하고, 이들의 피해와 명예를 회복시키기 위한 실질적인 조치를 취해야 한다고 권고했다.
이와 함께 진실화해위는 1980년 비상계엄 당시 신청인 홍모씨와 김모씨가 경산경찰서 경찰들에 의해 연행돼 불법 구금 및 가혹행위를 당한 사건에 대해서도 중대한 인권침해로 보고 국가가 사과할 것을 권고했다.
아울러 1976년 반공법 위반 불법구금 사건, 1974년 육군보안사령부의 민간인 불법구금 사건, 울산 국민보도연맹원 인권침해 사건, 3·15의거 시위 참여 확인 사건에 대해서도 진실규명 결정을 내렸다.