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개정안의 주요 내용은 감염병 예방조치로 인하여 법 공포 이후 발생하는 소상공인의 경영상 심각한 손실보상에 대해서는 중소벤처기업부장관이 손실보상을 하도록 하고, 법 공포 이전에 발생한 심각한 피해에 대해서는 조치 수준, 피해 규모 및 기존 지원 등을 종합적으로 고려하여 피해를 회복하기에 충분한 지원을 하도록 하는 것이다.
개정안에 따라 손실보상금을 지급받기 위해서는 중소벤처기업부장관에게 손실보상금의 지급을 신청하여야 하고, 중소벤처기업부장관은 관련 전문가, 소상공인 대표자 등으로 구성된 손실보상 심의위원회의 심의를 거쳐 손실보상금의 지급을 결정하게 된다. 만일, 중소벤처기업부장관의 손실보상금의 지급 결정에 이의가 있는 사람은 지급 결정을 통지받은 날부터 30일 이내에 이의신청을 할 수 있다.
한편, 신청인이 감염병 예방조치 의무를 위반한 경우에는 손실보상금의 감액 또는 환수 조치가 이루어질 수 있다.