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1986년 대법관(당시 대법원판사)에 임명됐고 1993년부터 1999년까지 제12대 대법원장을 역임했다.
윤 전 대법원장은 38년 동안 법관으로 일하며 사법제도의 변화를 이끈 인물로 평가된다.
대표적인 성과는 1997년 영장실질심사제도 도입이다. 이전에는 판사가 수사기록만 보고 구속영장 발부 여부를 결정했다. 제도 도입 이후 불구속 재판이 확대됐다.
그밖에도 서울민사·형사지법을 통합한 서울중앙지법 출범과 특허법원·행정법원 신설(1998년) 등에 기여했으며 대법원 사법정책연구원 설치와 사법보좌관 제도, 법관평가 제도 도입 등을 이끈 인물이라는 평을 받는다.
대법원장 퇴임 후에는 법무법인 화우 고문변호사와 영산대 명예총장 등을 지냈다.
상훈으로는 청조근정훈장(1999년)과 국민훈장 무궁화장(2015)이 있으며 자랑스러운 연세인상(1994년)과 자랑스러운 해남윤씨상(2000년)을 받았다. 법원도서관은 지난해 대한민국 법원 구술총서 ‘법관의 길 윤관’을 발행하기도 했다.