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감사 대상은 윤성현 남해지방해경청장(치안감·당시 본청 수사정보국장), 김태균 울산해경서장(총경·당시 본청 형사과장), 강성기 동해지방해경청장(치안감·당시 본청 정보과장), 옥현진 본청 외사과장(총경·당시 인천해경서 수사과장) 등이다.
이들은 모두 대기발령 된 상태다.
감사원은 당사자 동의를 거쳐 디지털 포렌식을 위한 컴퓨터 하드디스크 복제 작업에 착수한 것으로 전해졌다. 사건 직후 해경을 포함해 청와대, 국방부, 해양수산부 등 관계 부처와 주고받은 이메일 및 공문 자료가 포함된다. 이를 통해 당수 수사 결과 발표가 적절했는지 따져보겠다는 취지다.
2020년 9월 ‘서해 공무원 피살 사건’ 당시 해경은 이대준 씨가 ‘자진 월북한 것으로 추정된다’고 발표했다. 그러나 윤석열 정부가 출범한 뒤 해경은 ‘자진 월북’했다고 단정할 근거를 발견하지 못했다고 입장을 번복했다. 일각에선 문재인 정부가 과도한 ‘북한 눈치보기’로 사건을 축소·왜곡한 게 아니냐는 의혹도 제기됐다.
한편, 국가정보원은 전날(6일) 문재인 정부에서 국정원장을 지낸 박지원 전 원장을 ‘서해 공무원 피격 사건’과 관련해 직권남용죄 등의 혐의로 고발했다.
일부 언론에 따르면 국정원은 이대준 씨의 ‘월북 의사’ 등을 판단하는 근거로 활용된 국정원의 일부 첩보 자료를 박 전 원장이 삭제하라고 지시한 정황을 포착한 것으로 알려졌다.