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지난 2015년 교육부는 상지대를 대상으로 종합감사를 진행했고 그 결과 김 전 총장에게 징계 사유가 있다고 보고 상지학원에 해임 처분을 요구했다. 이에 상지학원 징계위원회는 김 전 총장에 정직 1개월을 의결했다.
교육부가 재심의를 요구해 정직 기간이 2개월로 늘어났으나 교육부는 상지학원에 재차 시정을 요구해 해임 처분이 내려졌다.
김 전 총장은 이에 불복해 상지학원을 상대로 소송을 제기했으나 1심에선 상지학원 측이 변론을 하지 않아 김 전 총장이 승소했다.
이어진 2심에선 당시 징계위원회가 절차적 하자가 있다고 보고 원고 승소 판결을 내렸다. 상지학원 측 역시 김 전 총장의 주장을 인정했다. 2심 재판부는 “징계처분 또는 사립학교법에 정한 사유가 없는 한 단순히 이사회 결의만으로 사립학교의 장을 해임할 수 없다”며 “이 사건 해임은 징계위의 의결을 거치지 않은 점에서 절차상 하자가 있다”고 지적했다.
대법원은 “원고의 주장을 피고가 다투지 않는다는 이유로 바로 이 사건 해임이 무효라고 인정할 수는 없다”면서도 “그러나 이 사건 해임의 징계위 의결을 거치지 않아 무효라는 원심의 판단은 수긍할 수 있다”며 상고를 기각했다.
이에 대해 상지학원은 측은 김 전 총장 편을 드는 이사회가 고의로 절차상 하자를 만들었다고 주장했다.
상지학원 측은 “김문기 씨를 총장으로 선임한 이사회에서는 교육부가 (해임)미이행시 임원취임 승인 취소를 경고하자, 총장징계위원회 결 절차를 전혀 거치지 않고 해임을 의결했다”며 “소청심사위원회는 ‘징계절차상의 하자를 고의로 만들어 사법심사 단계에서 징계처분이 취소되도록 의도하는 경우는 정의의 관념에 부합하지 않는다’고 판단했다”고 설명했다.
