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연구인력 개발비는 일정비율(중소기업 기준 25%)의 세액공제를 지원하나, 공제대상이 되는 연구인력은 연구개발만을 전담해야 한다는 제한규정이 엄격하게 적용돼 현장에서는 이를 제대로 판단하기 쉽지 않다. 국세청이 2020년부터 전담팀을 만들어 사전심사 제도를 운영하는 이유다.
지난해에는 2440개 기업이 사전심사를 신청, 제도가 도입된 2020년(1547건) 대비 58% 증가했다.
국세청은 사전심사 우선심사 대상을 기존 ‘중소기업 등 미래성장 세정지원기업’에서 올해부터 ‘혁신성장유형 벤처기업 확인 목적’, ‘신성장·원천기술’까지 추가한다. 혁신성장유형이란 벤처기업 유형 중 하나로 창업 3년 이상 기업의 경우 ‘매출액 대비 연구개발비’ 20% 이상 조건을 충족해야 한다.
아울러 법인세(소득세) 신고 등에 적시 활용할 수 있도록 신청인이 지정하는 세무대리인에게도 심사결과를 자동 통보하도록 개선했다.
사전심사는 홈택스, 지방국세청(법인세과)·세무서(민원실)를 통해 연중 신청이 가능하며, 법인세(소득세) 신고기한 이전에 미리 신청하면 심사결과를 신고내용에 신속히 반영할 수 있다. 또 심사결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 및 감면 사후관리 대상에서 제외되고, 이후 심사결과와 다르게 과세처분되더라도 과소신고 가산세가 면제된다.
국세청 관계자는 “사전심사 제도를 이해하실 수 있도록 ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인’과 심사사례를 보완해 국세청 홈페이지 및 홈택스에 게시하는 등 도움자료를 개선했다”며 “중소벤처기업부 등 유관기관과 협업하고, 납세자 대상 간담회 등 적극적인 소통을 통해 사전심사 제도를 더욱 발전시켜 나갈 것”이라고 말했다.
