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앞서 이날 선관위는 과천청사에서 노태악 선관위원장 주재로 위원회의를 미친 뒤 보도자료를 배포해 감사원 직무감찰에 응하기 어렵다는 입장을 발표했다. 국가기관 간 견제와 균형으로 선관위가 직무감찰을 받지 않았던 것이 헌법적 관행이며, 회계에 속하지 않는 일체의 사무에 관한 감사는 직무감찰에 해당하기에 인사사무에 대한 감사 또한 직무감찰에 해당한다는 이유에서다.
이에 감사원 측은 “국가공무원법 제17조는 선관위 인사사무에 대한 감사원 감사를 배제하는 근거가 될 수 없다. 행정부(인사혁신처)에 의한 자체적인 인사감사의 대상에서 선관위가 제외된다는 의미이며, 선관위 인사사무에 대한 감사원의 감사를 배제하는 규정이 결코 아니다”면서 그간 선관위가 인사업무에 대한 감사를 받아온 사례를 공개했다.
감사원에 따르면 2016년 당시 직급별 정원을 초과해 승진임용·신규채용을 하는 등 인사업무를 부당하게 처리한 선관위 공무원에 대해 감사원이 징계를 요구했었고, 2019년에도 경력경쟁채용 응시자의 경력 점수 등을 과다 산정하는 등 서류전형 업무를 부당하게 처리한 선관위 공무원에 대해 직무상 책임을 물어 징계 요구했다.
이외에도 감사원은 선거관리 업무가 감사원 감사의 제외 대상이었다는 선관위의 주장에 대해서도 “감사원법상 감사 대상”이라며 “선관위가 담당하는 선거 관련 관리·집행사무 등은 기본적으로 행정사무에 해당하고 선관위는 선거 등에 관한 행정기관이므로 감사대상에 해당하나 그간 선거관리의 독립성을 존중하는 차원에서 감사를 자제해온 것”이라고 설명했다.