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김 전 원장은 국정원장 재직 당시인 2008년 3월 이명박 전 대통령의 요청에 따라 특수활동비 2억원을 전달하고, 같은해 4~5월에는 김백준 전 청와대 총무기획관을 통해 2억원을 추가로 전달한 혐의를 받는다.
검찰은 김주성 전 국정원 기조실장이 김 전 원장 지시를 받아 김 전 기획관을 통해 이 전 대통령에게 국정원 자금을 전달했다고 봤지만, 1·2심 법원은 이를 인정하지 않았다.
당시 재판부는 “뒷받침하는 유일한 증거는 김 전 기획관의 진술뿐이지만 믿기 어렵고 검사가 제출한 증거만으로는 해당 2억원이 국정원 자금이라고 단정할 수 없다”고 판단했다.
2008년 4~5월 2억원을 전달했다는 공소사실에 대해서도 증거가 부족하다고 봤다. 재판부는 “이 부분 공소사실은 직접적이고 핵심적인 증거는 김 전 실장의 진술”이라며 “김 전 실장의 진술은 다른 사건 관계인들의 진술과 일치하지 않는 사정 등을 고려하면, 김 전 실장의 진술은 신빙성이 없다”고 지적했다.
검찰 측 상고로 이어진 상고심도 “원심 판단에 논리와 경험의 법칙에 반해 자유심증주의의 한계를 벗어난 잘못이 없다”며 상고를 기각했다.