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이번 소송의 쟁점은 노동조합법 제81조 제1항 제2호 단서 조항, 즉 유니온 숍 협정을 허용하는 조항의 위헌성 여부였다. 철도노조는 이 조항이 소수 노동조합의 단결권과 평등권을 침해한다고 주장했다. 노조 측은 “유니언 숍 조항으로 지배적 노동조합은 갈수록 거대해지고 소수 노동조합은 상대적으로 조직 확대가 어려운 실정”이라며 “(해당 조항이) 복수노조 체제에서 근로자의 노동조합 선택권이나 소수 노동조합의 단결권을 제약할 뿐 아니라, 소수 노동조합을 합리적인 이유 없이 차별하는 것”이라고 주장했다. 아울러 “단체협약 체결로 소외(지배적) 노동조합의 조직강제를 용인하는 것은 허용될 수 없으므로 이는 원고에 대한 지배·개입의 부당노동행위에 해당한다”고 덧붙였다.
그러나 재판부는 유니온 숍 협정이 노동조합의 조직 확대와 단결력 강화를 위한 정당한 목적을 가진다는 판단했다. 재판부는 대법원 판례를 인용하며 “유니온 숍 협정의 효력은 어느 노동조합에도 가입하지 않은 근로자에게만 미치므로 소수 노동조합의 단결권을 실질적으로 침해하지 않는다”고 판시했다. 또 “2018년부터 2022년까지 한국철도공사 전체 근로자 중 소수 노동조합 및 노동조합 미가입자가 차지하는 비율이 10.84%에서 13.03%로 증가했다”며 유니온 숍 협정이 소수 노동조합의 단결권을 침해한다고 볼 수 없다고 밝혔다.
재판부는 “노동조합법 제81조 제1항 제2호 단서 조항은 헌법에 위반되지 않으며 소수 노동조합의 단결권이나 평등권을 침해하지 않는다”고 명확히 했다. 이어 “유니온 숍은 노동조합이 획득한 향상된 근로조건의 이익에 비조합원이 무임승차하는 것을 방지하기 위한 것인데, 2022년 기준 우리나라의 노동조합 가입률이 불과 13.1%로 높지 않다는 점에 비춰보면 노동조합의 조직강제의 필요성은 여전히 인정된다”고 했다. 그러면서 “제명되거나 탈퇴해 새 노조에 가입하는 경우에도 근로자에게 불이익 줄 수 없도록 해 복수노조 체제에서 노조 선택의 자유나 소수 노조의 단결권 제한을 최소화하고 있다”고 부연했다.