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농협은 중앙회→농협금융지주→농협은행으로 이어지는 지배구조를 갖고 있다. 이런 탓에 최상단에 위치한 농협중앙회가 농협금융부문 계열사 경영에 쉽게 영향력을 행사할 수 있다. 실제 NH투자증권 대표이사 선임 과정에서 강호동 농협중앙회장이 유찬형 전 농협중앙회 부회장을 밀어붙여 논란을 일으키기도 했다.
이복현 금감원장도 농협 지배구조를 지적한 바 있다. 이 원장은 최근 기자들과 만난 자리에서 “신용사업과 경제사업이 구분돼 있다고 하지만 농협 특성상 그게 명확한지는 조금 더 고민할 지점이 있다”고 꼬집었다.
금감원은 농협의 이런 지배구조가 내부통제에도 취약하다고 판단하고 있다. 앞서 금감원은 지난달 농협은행 영업점에서 발생한 109억 4733만 원 규모의 업무 배임 사고에 대해 수시 검사를 진행했다. 사고 검사 결과 해당 영업점 직원은 부동산 브로커로부터 금품을 수수한 뒤 사문서 위조·행사(허위 계약서 작성 등)와 담보가액 부풀리기 등을 통해 거액의 부당 대출을 취급한 것으로 확인됐다.
금감원은 또 다른 농협은행 지점에서도 한 직원이 금융 업무가 미숙한 귀화 외국인의 동의 없이 펀드 2억 원을 무단 해지해 횡령한 사건도 추가 적발했다. 해당 직원은 과거 금융사고를 내 내부감사에서 적발된 이력이 있으나 적절하게 관리되지 않아 추가 사고가 발생한 것으로 파악됐다.
금감원 관계자는 “농협은행은 내부통제 측면에서 취약점이 노출되고 있다”며 “특히 농협중앙회 출신 직원이 시군 지부장으로서 관할 은행 지점 내부통제를 총괄함에 따라 내부통제 체계가 취약할 소지가 있다”고 말했다.