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하지만 조세지출과 재정지출의 분류 기준 연계되지 않고 제각각이어서 정책 수단간 비교가 어려운 한계를 지니고 있다. 3개 연도 16대 분야로 작성되는 조세지출예산서와 달리, 국가재정운용계획은 5개 연도 12대 분야로 분류되고 있다. 또 예산안은 ‘분야-부문-프로그램’까지 제출하는 반면, 조세지출예산서는 ‘분야-부문’까지만 작성하는 것도 차이점이다.
이같은 문제점은 국회예산정책처가 ‘2022회계연도 결산위원회별분석(기획재정위원회)’ 보고서에서 지적한 바 있다. 당시 예정처는 “조세지출이 정부의 재정 부담이라는 점에서 재정지출과의 비교를 통해 조세지출 규모의 증가세가 적정한지 검토가 필요하다”며 “기재부는 예산안, 국가재정운용계획과 조세지출예산서 간의 연계·통합 작성 방안을 마련해 예산안 및 세법 심사의 총량적 논의 기반을 조성할 필요가 있다”고 강조했다.
이상엽 경상국립대 경제학부 교수는 “조세지출과 재정사업의 연계를 강화한 예산회계시스템(dBrain) 구축을 통해 실시간 검색이 가능하도록 고도화해야 한다”고 제언했다. 조세지출, 재정지출의 경우 일단 신설이 되면 폐지하기 어렵기 때문에 정책담당자들이 유사 사업 정보를 파악해 중복 사업의 신설을 막아야 한다는 것이다.
이재윤 국회입법처 재정경제팀장은 “개별 조세특례 중 어떤 항목을 조세지출예산서에 포함할지를 판단하기 위한 정부 차원의 지침, 기준이 필요하다”며 “개별 세법의 수많은 비과세·감면 항목이 조세지출 항목에 배제돼 전체 규모가 얼마나 되는지 파악하지 못하고 있다”고 지적했다.
경제협력개발기구(OECD)는 조세지출을 ‘조세 체계상 일반적인 원칙인 기준조세체계를 벗어난 것’이라고 정의하고 있다. 반면 우리나라는 조세특례제한법에 근거해 ‘조세감면·비과세·소득공제·세액공제·우대세율적용 또는 과세이연 등 조세특례에 따른 재정지원“이라고 규정한다. 조세지출예산서에 포함하는 항목에 관해서는 ‘기재부 장관이 인정하는 사항’으로 위임하고 있으나, 구체적인 지침이나 기준은 없는 상태다. 이에 국세감면액에 맞춰 항목을 임의로 넣거나 빼는 방식으로 국세감면율을 조정할 여지가 있다는 우려가 나온다.
